今日所見的擇賢堂，大體上仍維持昭和三年（1928年）重建後的基本架構。其後雖經歷數次翻修，唯新增添的工事，除了多是一些如彩畫、洗石子及磁磚鋪面等外部的裝修工程外，內部架構的部分基本上仍延續當年所完成的構架體系而未有重大的改變，故以此為斷代的依據，對擇賢堂的建築形制作一整體的說明，並附帶概略說明本堂右側民宅之建築形式如下。
如同其他大部分的齋堂一樣，擇賢堂的空間格局和傳統民宅的三合院形式相似。正殿的祭祀空間為一正身加上兩側護龍的三合院形式，正殿的左後方為一提供住宿的二層現代式樓房。擇賢堂基本上就是由這兩個主要建築群所組成。另外還包括正殿右方自始都是獨立使用的三合院民宅。
要進入擇賢堂可從兩個方向進入。一是從南側的友愛街巷口進入，另一側是從北側中正路巷口往南走近便可。如果是從北側進來的話，會先碰到擇賢堂右方的三合院民宅。擇賢堂附近的建築大都屬於合院式的建築組群，擇賢堂所有的這間三合院民宅就是個範例。這間老厝是由堂方明治三十九年（1906年）九月十八日向葉全氏購買，連同另一塊地計花費二百四十圓購得。此棟建築由正身、護龍所組成，較特別的是它短小的護龍，約莫一開間而已。正身有三開間，明間為廳位，廳後有二間小房，而左、右次間則各有兩房，傳統民宅的格局在此一目了然。據瑞妙師表示，民國五十八年（1969年）她來本堂時，該棟建築大部分的時間都是出租予人居住，而這些租金則用來挹注堂內的部分生活開銷。在此之前，依民國四十三年（1954年）的〈寺廟所屬財產明細表〉的紀錄，該屋（1四十四番地）連同四十三番地的住宅，一年之收益為三千八百四十圓，顯然光復後仍有出租的情況。至於更早以前的狀況為何，由於《寺廟台帳》中並無任何該土地與房屋的記載，詳情為何便不得而知。
經過老厝，映入眼簾的是擇賢堂的門屋，由簡單的硬山屋頂與山牆構成，門屋兩旁是約略人高的圍牆構成，牆上綠釉花磚三、三成對，形塑了擇賢堂內外的空間關係。門屋楣牆上有一橫匾，上面書寫「擇賢堂」三字，其形制與報恩堂的門匾相同，形制雖小卻也範塑了擇賢堂格局的完整。進入門屋之後自然是小巧的庭院空間，庭園兩側香花、盆景分置，夏日雨後，益覺芬芳，平日香花又是佛前供花品，實是一舉多得。由於身處都市叢林之中，此庭雖小但卻別緻。
進入前院之後，首先面對的即是正殿之前的拜亭和其兩側的護龍，正殿居中構成了則賢堂的主要供佛空間，與護龍間則以一檐廊相通，檐廊之前則是廟宇中常見的拜亭，護龍則是隨側在旁，形成一標準的三合院格局。拜庭兩側各有一洗手台，應屬日據時期之作。具堂方表示，此台歷史久遠，這可從洗手台的形式與構造看出一二。儘管護龍伸手淺短，但卻無礙於格局的完整，倒是突顯了獨居正中的正殿。右側護龍外有一小型的洗手台，形俱雖小，卻為平實的山牆面增添了一些裝扮。
據民國四十三年（1954年）的寺廟調查所留下的示意圖，正殿中間明間為「本殿」，左、右偏殿之前同為「七祖廳」、廳後則是供人住宿的「住屋」，而護龍亦是供作「住屋」之用。其實本殿之中亦有前後之分，牌樓面之前為信眾活動的空間，後方則是供奉神佛的神龕，從昭和七年（1932年）的舊照可以發現本堂原有神龕一座，上出回文式几腿罩。據本堂老齋姑表示，最初本堂尚有男眾之時，房間尚有男、女眾之別，然自從男眾道徒相繼歸西之後，本堂已成為先天派的女眾道場，因此本堂房間遂無其他齋堂的男、女眾之分。
因此，春妹姑任堂主時（1929至1951年）的空間使用情況大致如下：堂主古昌新（春妹姑）房位於左側七祖廳後，右側房則是吳素，左側護龍前面房間是林素蘭，後端則是陳秋桂，右側護龍後端則是曾肇珍，而前端房間則供作客廳使用。至於正殿中的閣樓，當時則是供予從客家六堆前來本地就學的子弟住宿之用，當時左側閣樓約住台南工學院學生六人，右側閣樓則住了高商及南師的學子三人左右。可以看出堂主仍位於堂中最重要的空間，堂中空間並未因為女眾道場的改變而有所失序。相較之下，今日的擇賢堂則人丁單薄許多，住持瑞妙師居住在左護龍，護龍前端供作客廳之 用，後端則是住持的住房，而法性師則是居住於右側護龍後端房間，前端房間則改成本堂之開山堂。
經由左偏殿旁的通道，可以通達原為佛堂原址的大寮，然而在通過大門後可見左側尚有房間二間，此空間現為空房及儲藏室之用。由民國四十三年（1954年）的資料則顯示一間為「住屋」；另外一間則是齋堂中的神聖附屬空間「敬茶房」，專用於供佛用飯、茶、果的準備工作，一般皆由堂內一人專門負責。大寮改建於民國六十年（1971年），一樓作為餐廳、廚房之用，二樓則是提供給掛單客居住之用，目前尚有一人暫住之外，其餘房間則空置。此外，二樓陽台尚有燒木材的鍋爐，尚保有過去大爐燒水的舊慣習。原有大寮為三開間形式，面北，中間廳位從佛堂改成「餐室」，右邊房位則是廚房，左邊則是「住屋」，楊鴛鴦老齋姑原來即是居住於此。
簡而言之，擇賢堂的建築格局乃是一三合院配置，中間正殿供佛，兩側護龍則是常住之用，後方大寮除作餐廳、廚房使用之外，另有房間安置前來本堂掛單之客友。
