擇賢堂的建築主要以昭和三年（1928年）興建的正殿、拜亭及護龍為主體，後方為民國六十年（1971年）所興建的大寮建築，以及齋堂右側的民宅則為附屬建築。以下即針對昭和三年（1928年）所興建完成的建築，分成門屋、拜亭、正殿、護龍及其他幾個部分逐一討論。
一、門屋：
門屋位於擇賢堂建築中軸線的最外層，立於一約三十公分的台基之上，為一懸山式建築形式，馬脊墀頭，屋脊則是以小脊收頭。內側構架本屬六架楹做法，中楹由於門面磚牆之影響，才以二楹附於磚牆之上，其形式與常見的屋頂與牆面交接處的做法相同。中開大門，門上有一聯：「擇處祇園、賢名覺路」。門屋形式極為簡樸，並無任何裝飾，白磚紅瓦，大門以淺藍色為底，配上大紅色的對聯，和民家無異。
二、拜亭：
拜殿屋頂為歇山式做法，圓形馬脊，仰合紅瓦磚，脊上並無任何剪粘裝飾，形式極為平樸。拜亭的構架為八架楹捲棚疊斗式構架（包括出挑的挑檐楹）。其架構基本上乃是先立木柱於柱珠之上，立柱珠之後，在四柱之上立六柱楹以承屋頂，柱間橫向以壽樑連接，縱向兩柱之間立大通，大通之上立大式坐斗（木瓜式），坐斗之上疊斗出栱以承四架楹，坐斗之中橫接二通，二通之上則小式立坐斗出栱以二架楹。坐斗之中則置斗及束仔、束尾、束隨、雞舌、雀替、斗串、托木以達固接各楹及步通之效。本堂後側檐柱的柱珠極具特色，該珠由青斗石刻成，上緣部分並浮刻佛門八樣寶物，形狀極為厚重樸實。
在構建中較為特殊的，除了雕琢精緻、造型炯炯有神的鱉魚雀替之外，應算是二通下方的雀替。一般而言，大通與坐斗之間通常以捲草形式雀替收頭，此處以雀替巧妙地轉化，顯見匠師在靈感運用的彈性。在裝飾題材方面，枋心部分大地以花鳥為主，藻頭則以點飾輕輕帶過。束隨亦是如此。裝飾較富變化的，應當是束隨、束尾、各式雀替的雕飾，有魚、有花、也有捲草，不過並不華麗。
整體彩畫色調是以淺藍通楹鋪陳開來，朱紅色的柱楹，再以草綠搭配，偶以紅紋相間，斗栱之處再以草綠作收，構成了擇賢堂最為繁複的裝飾部位。唯一的例外，大概就是淡黃色打底的二通，上以幾朵小花、捲草點綴。由於色調與眾不同，再加上位居構架的正中心位置，因此顯得特別顯眼，不過倒也增加了視覺上的穩定。綜合而言，儘管彩畫色彩斑駁，風采盡失，不過從大通蝦方栩栩如生的鱉魚形雀替，仍可看出本堂小木作的精湛工夫。
三、正殿：
擇賢堂的正殿構造為十五架楹重牆式的建築形式（包含出檐部之挑檐楹），不同於其他齋堂中的混合式構造（內為木構架體，最外側為山牆），明間與次間之間的構造體改以承重牆方式為之，中間一圓形洞門以連通正殿與左、右兩側殿。也正因如此內部空間的視覺效果深度不佳，頗有窘狹壓迫之感。不過構造裝飾上倒是簡少許多。
正殿屋頂外形如同民宅一樣，由仰合紅瓦屋頂面和大脊、垂脊所構成，若非拜亭的存在，實在看不出其為一供公眾拜佛的堂宇。山牆頂部圓拙的馬脊，加上和緩的正脊曲線，娓娓道出家宅般的寧靜與樸實。儘管如此，堂宇仍是堂宇，擇賢堂畢竟仍是一間供佛的神異空間，正殿內部所表現出宗教氛圍，則與外部素樸的民宅外型迥異。
正殿主要木作都集中在步口檐廊、隔門與神龕牌樓面上。在步口出檐部方面，要以正殿與拜亭間的「複合式構架」較為特殊，此類構架亦見於西華堂、化善堂、德化堂及報恩堂等齋堂之中。所謂複合式構架乃是將正殿及拜亭（或拜殿）的構架連接起來的一種構架，其特色是在分屬兩段的檐柱中間增加一支步通，以承受挑檐枋所傳遞下來的作用力，其中甚至是以「減柱」的方式出現，如報恩堂的拜殿即省略了一柱，而德化堂則完全省略了拜亭的柱列，以門屋的檐柱施一步通直接連接正殿的檐柱。此一作法不僅增加了兩殿之間的活動空間，另一方面也符合了經濟的考量。
本堂此一部份的構架形式乃是步口挑檐部位採硬挑出栱以承十五架楹，硬栱之下有關刀栱支撐，而支持這些構件的則是連通正殿與拜亭間的樑枋。樑枋之上一方以座草連接關刀栱，在拜亭一方則是由獅形座斗、束仔、雞舌直達挑檐楹。從形式來看，此處的構造處理並不如其他齋堂來的高明，例如拜亭挑檐楹下的束仔並未作合理的收頭，而直接搭在正殿的關刀栱之上，而拜亭中大通的收頭亦是以短頭螭首直接作收，而未與獅形座斗產生聯繫即是。在裝飾方面，斗栱大部分都以草綠漆底，配上金飾的淺浮雕，或綠、或金、或花、或草，若在搭配金身獅形座斗，以及步通之下的龍形雀替，構成繁複的裝飾面。儘管彩畫效果不佳，但基於淺浮雕所形塑的氣氛，也表現出一定的水準。
至於後方的步口構架，在明間位置，中為步通，不通之下置「圓光」，上置木瓜式座斗，並疊斗至十一架楹為止，其中束尾形式亦與拜殿相同，座斗兩側並無草形插角。這類構件都是以花草作為彩飾的主題，相較於一般道廟常見的繁複裝飾顯然簡樸許多。其中，圓光以朱漆作為襯底，表層浮雕金飾花鳥為飾。出挑斗栱多以麒麟花鳥為雕刻，雀替、束隨、束尾則多以淡藍為底，捲草、花鳥彩畫居多。壽樑之上畫有「經留月夜」、「衲剪杳風」彩畫。至於次間山牆壁面方面，出挑多是浮刻螭尾紋飾，圓光和明間相同，皆以花鳥為飾。較為特殊的，應是右側牆上有一書卷形裝飾，上書有「空山新雨後，◯氣晚來秋。太陽明月照，清泉石上流」。左側山牆則無，而是以野鹿彩畫代替。
轉進正身立面，題有「擇賢堂」的木匾高掛於門面正中的楣引之上。兩旁隔板繪有「觀世音菩薩收大鵬精」、「釋迦牟尼降魔成道」彩畫，門楣之上題有對聯。中間大門為實心木板組成，以鵝黃色批底，上書紅地金字「擇鄰以處，賢路日新」小對，頗為突出。門上有一門鈸，形式樸拙，益顯古意。門前為寺廟中常見的門柵隔屏，高矮一致，上鏤花紋為飾。次間纖細的隔扇門窗。大門兩側為隔扇屏門，頂部透雕，由左至右分別雕以大象花鳥、麒麟、猛虎、祥鹿、腰部浮刻盆景花飾，裙部則以彩畫繪於橢圓之屏局之中，或梅花、或菊、或鶴、或松、或蘭、或鳥，不一而是。屏門頂部的門楣及下部的門檻則分飾有仙鶴浮雕，以及兔形淺雕。
次間的屏門大扺與明間的裝飾大同小異，門楣上方的板面分別繪有「九天玄女下凡救萬人」、「陳靖姑收張魁鬼」彩畫，其旁則是簡單的以盆景、花草、書卷、柿子、法船、茶壺杯子裝飾，一幅居家景象。而屏門格式如同明間，頂部繪花鳥，腰部淺雕山蘭、梅枝，裙部則以水墨手法繪上簡單的山水。
進入正殿內部之後，正殿牌樓面區隔了神佛與信眾活動的空間，牌樓面由神龕中柱區分成三個區間，昭和年間的「大雄寶殿」匾額立於楣枋之上，古匾中以青綠為地，邊框則漆金草紋樣於朱地之上，萬物資生等題款字句則以金漆為之。其下神龕位置則由透雕几腿罩裝飾，罩由雙龍構成，頗富威儀。而懸掛三官燈與天公燈的燈樑則位於七架楹與九架楹之間。燈樑位於七架楹與九架楹之 間，樑上兩側繪有雙鳳，龍珠居中。中楹以朱紅為底，中為八卦，兩側則繪有雙龍作為護戒，配合拜亭的兩儀，四象，表象出宇宙生成的觀念。正殿兩側七祖廳各有護法房，護法房之上則是閣樓，可有兩側陡斜的爬梯直上。閣樓構造除由橫向楹樑直接承負之外，另外有成排的門柵作為護欄之用。
四、護龍：
擇賢堂雖為堂宇建築，雖其外觀卻與民宅無異。擇賢堂主體建築的兩翼護龍亦是如此。如同正殿與拜亭一樣，護龍的屋頂為硬山形式，並未出挑。屋面由仰合紅瓦所祖成，左、右護龍的構造形式並不相同，右護龍外形為九架楹穿斗式作法，左護龍則是以七架楹抬樑方式為之。
護龍的立面為二開間形式，主要入口由外側開間進入，從立面形式便可以很清楚看出。除了入口開間具有略繁複的小木作隔扇門之外，整個護龍建築形式簡單、素樸，如同普通民家一般。山牆兩側各開有一方形窗，頂端下方並有螭首紋飾出現。
擇賢堂右側民宅為十一架楹類穿斗式構架方式所構成（包含挑檐楹）。中脊楹由中柱支撐，另由前、後第五架楹，構架壁堵除由木板隔間之外，縱向大樑（穿）之上則由編竹構造構成，表面再抹上白灰泥粉飾，突顯了黑色木構架的表現。民宅屋面由仰合紅版瓦構成，屋脊為小脊形式。由於民宅已有近百年的歷史，因此構造現況不佳且有危險之慮，急待進一步加以修復。
五、民宅：
擇賢堂右側民宅為十一架楹類穿斗式構架方式所構成（包含挑檐楹）。中脊楹由中柱支撐，另由前、後第五架楹，構架壁堵除由木板隔間之外，縱向大樑（穿）之上則由編竹構造構成，表面再抹上白灰泥粉飾，突顯了黑色木構架的表現。民宅屋面由仰合紅版瓦構成，屋脊為小脊形式。由於民宅已有近百年的歷史，因此構造現況不佳且有危險之慮，急待進一步加以修復。
<資料來源： 徐明福，國立成功大學建築系（1998）【台南市第三級古蹟擇賢堂調查研究及修護計劃】。台南市政府。>
