歷代堂主

        第一代開基堂主葉昌貞：本名葉景清，台南市人。最初原為先天派報恩堂修持道友，於同治、光緒年間輔佐當時創辦報恩堂的堂主黃昌成開荒台灣南部。後來創辦擇賢堂，而於光緒中期往生。擇賢堂最初原來本是葉氏私人佛堂宅第，其原址在今堂址左後方大寮位置。

        第二代堂主黃昌泰（太）：本名黃清，因而又有黃清泰之稱。台南人。黃昌泰同樣亦在報恩堂修持，後與葉昌貞即古昌端合募資買現堂址及右側房舍創立擇賢堂。黃昌泰曾從黃玉階習醫，醫術精湛，活人無數，並曾為台灣總督的母親治病。根據本堂鹽埕墓碑上所留下的字刻，黃昌泰應於大正十一年（1922年），歲次壬戌年之前往生，而後才由其徒古昌端接任堂主。根據訪談所得，早期擇賢堂環境困窘，皆由黃昌泰在堂內製作中藥膏，在擔負至外地販售，賺取生活費用，以貼補堂內的開銷費用。本堂所屬的土地財產，大都是在黃清擔任管理人之時所購入的，擇賢堂能有今日之規模，黃昌泰當居首功。

        第三代堂主古昌端（東）：即古腰治，原名古帶娣，隨師黃昌泰之姓，故又名黃腰治。古昌端為高雄縣美濃鎮客家人，生年不詳，而於昭和四年（1929年）往生。根據訪談所得，古昌端原與前二代堂主皆在報恩堂修持，後因故與師黃昌泰同時離開報恩堂而至葉昌貞之家堂修行，三人並於光緒五年（1879年）共同創立擇賢堂。古昌端擔任堂主期間，曾於昭和三年（1928年），發起募捐緣金重建擇賢堂，並以「黃腰治」之名同其家人共同捐金一千圓，惜腰治姑於擇賢堂落成不久後歸西。今堂內右護龍之「開山堂」內尚供有腰治姑之塑像和畫像。

        第四代堂主古昌新：又名黃清（親）妹，本姓古，俗名古春妹，為古腰治之姪女，亦同是高雄美濃客家人。後同古腰治隨師黃昌泰之姓，而有黃春妹（即黃春樣）之名。春妹姑生年不詳，於民國四十年（1951年）二月二十八日往生。古昌新任內，曾於光復後修繕堂宇屋頂。

        第五代：堂主為陳昌英 、林昌慧、 曾昌雲三人分年拈鬮輪辦，分述如下。

         陳昌英：本明陳秋桂，澎湖人，明治三十八年（1905年）生，馬公國民學校，東京洋學校畢業，昭和七年（1932年）八月皈依，民國八十七年(1998年)辭世。

陳秋桂(昌英) 堂主

         林昌慧：本名林素蘭，澎湖人，明治三十三年（1900年）生，昭和五年（1930年）進道，佛教練成所畢業，其後由天恩晉領證恩、引恩。昭和十六年（1941年）九月一日進入本堂。林昌慧曾任職台南女中多年，著有《先天道道統源流之略歷》（民國五十八年著，手抄本），民國七十三年（1984年）因故離開本堂。

        曾昌雲：曾肇珍，生於明治三十二年（1900年）三月四日，籍隸台灣省屏東縣內埔鄉人，昭和十年（1935年）三月九日即皤依本堂，民國六十五年（1976年）五月三日往生。本堂留有遺像一幅及〈擇賢堂故管理人昌雲姑俗名（曾肇珍妹）事略〉一則作為紀念，其內容如下：「昌雲姑俗名（曾肇珍妹），生於民前十一年三月四日，籍隸台灣省屏東縣內埔鄉人。昌雲姑天性慈悲，待人和善，自甘八歲即熟悉佛法，夙具慧根，即投本堂出家禮佛，續習經典，經五十一載如一日，虔誠不懈，淨修苦行，福慧具全，弘法利生。迨民國四十年二月間，本堂清妹姑圓寂，受師遺囑，得眾信徒推舉為本堂管理人，呈經台南市政府備案，自此堂務蒸蒸日上，井井有條，經先後整理本堂歷年財產，擴展財源，增加收益，不遺於力，及籌建本堂後座大樓，以供香客及齋姑居住，神益眾信徒，貢獻良多，齊聲讚許，迄本年五月三日，天不假年，突然染疾，一病不起，於四日下午七時與世長辭，西歸佛國，頓失良賢主持，嗟呼，良感痛惜。」