今日本堂的祭儀皆以空門為主，昔時先天的科儀在本堂已不復見。然而從一些現存的一些線索當中，還是可以發現先天派在本堂所遺留下的影響。
根據1954年〈寺廟登記表〉所載，當時堂內的「執事」分擔，除了「代理主持」一職之外，還包括「會計」、「雜物」、「炊飯」、「香燈」、「掃除」、「奉佛事」等，這些職位都是因應工作分工而來，一般齋堂都是如此。就先天派之組織而言，其職級依修道層級而有「祖師」、「五行」、「頂航」、「保恩」、「引恩」、「天恩」、「眾生」之區分，其權責亦不相同。其中又因職級不同，而再分別冠以不同的稱號，包括「道」、「運」、「永」、「昌」、「明」等字。例如領引恩者，其職由十地授與，並以「昌」字為道號；而領恩者，則冠以「明」字為道號。
如同前述，先天派的進道有一定的程序，善男信女如有皈依的願望，需先茹素，先行早齋，迨至全齋，並經捐資、誦經、放生等過程後，才擇日辦理皈依的儀式，其後領取天恩，並獲得進一步的道號。以擇賢堂為例，根據1954年的調查紀錄，在幾位長住的齋姑當中，除了資料不太詳細的賴美妹外，進入本堂才兩年的黃春當時並無任何道號，擔任炊飯的工作，應是仍在進道的最初階段。而已皈依並領有道號者，包括楊莊策（道號楊莊策蓮）、吳素（道號吳素蓮，其後道號又進為吳昌素）、蔡氏（名不詳，道號蔡潔淨），這些齋姑應是屬於天恩階級。而其他如林素蘭（道號林昌慧）、曾肇珍（道號曾昌雲）、陳秋桂（道號陳昌英）和洪招治（道號洪昌瓊）則是都領到了引恩的「昌」字階段了，一個先天派齋堂中的組織可見一斑。在先天派齋堂紛紛空門化，領道無門，以及老成相繼凋零的情況下，台灣地區領有「昌」字道號者已經少之又少，先天派齋堂的前途恐將隨著空門化的趨勢一去不返。
今日的擇賢堂，於民國七十一年（1982年）即成立有管理委員會，根據該年信徒大會所通過的〈台南市擇賢堂組織章程〉，堂內設管理人一職，對外代表該堂，並得聘請住持一位，負責堂務之運作。現任管理人彭清森。至於現任住持則是釋瑞妙，俗名周錦雲，於民國七十三年三月（1954年）接任住持至今。
