擇賢堂正殿（「大雄寶殿」）主祀觀音菩薩，神龕中供俸韋馱、迦藍護法、濟公活佛、彌勒佛、普賢菩薩及千手觀音。左殿（今稱「觀音殿」）供有觀音菩薩，善才、良女，右殿（今稱「地藏王殿」）則供奉地藏王菩薩。而本堂右護龍「開山堂」則供有清水祖師、地藏王菩薩和腰治姑像。
和其他先天的齋堂比較起來，擇賢堂神祉供奉的情形所表現的空門化現象相當明顯。在先天派齋堂中，一般都在正殿供奉觀音菩薩（先天派中通稱為「南海古佛」），兩側則是配祀善才、良女。而正殿兩側，一則供奉「合堂歷代九玄七祖無始宗親暨師友蓮座」之「七祖廳」，另一側則是供奉對本堂有功人士的「祿位廳」。據瑞妙師表示，堂內兩側原來確為「七祖廳」和「祿位廳」，後因廳內牌位眾多不易管理，而且為顧及視覺上的美觀起見，遂於四年多前舉辦梁皇法會將之燒化超渡，並集中供祀於今開山堂內。此一空間特色今在擇賢堂已不可見，其空門化可見一斑。
<資料來源： 徐明福，國立成功大學建築系（1998）【台南市第三級古蹟擇賢堂調查研究及修護計劃】。台南市政府。>
